O principal objetivo do Neepes é desenvolver conhecimentos interdisciplinares e interculturais que apoiem lutas sociais por saúde, dignidade, direitos territoriais e bem viver nas cidades, campos, florestas e águas. Dizemos que a missão Neepes é descolonizar e coracionar a academia atuando na interface dos campos interdisciplinares da saúde coletiva, ecologia política e escolas pós-coloniais, em especial as epistemologias do Sul e seu conceito de justiça cognitiva. São esses três campos que fundamentam teoricamente a integração das quatro justiças para a reinvenção da emancipação social e a transição paradigmática: social, sanitária, ambiental e cognitiva.
Uma proposta estratégica do Neepes é o desenvolvimento de metodologias sensíveis co-labor-ativas para a produção conjunta de conhecimentos, o compartilhamento de saberes e práticas entre grupos acadêmicos, organizações comunitárias e movimentos sociais. Para colocar em prática tais metodologias e descolonizar a academia, estamos exercitando o uso de linguagens acadêmicas com as artísticas e populares, como as gráfico-imagéticas e as poético-musicais. Isso tem ocorrido principalmente na organização de Encontros de Saberes, na realização de projetos de pesquisa que fornecem as bases empíricas de nosso trabalho, nos cursos de formação e em oficinas de trabalho.
Produzimos publicações em linguagens mais acadêmicas (artigos, livros e relatórios), outros modos de sistematização e memória, como cadernos interculturais e cada vez mais mesclamos e produzimos relatos em outras linguagens, como as poético-musicais e gráfico-imagéticas, com destaque para o audiovisual. Nesse caso destacamos a parceria com cineastas documentaristas como Silvio Tendler (Caliban), com quem realizamos o longa-metragem Fio da Meada, a produtora Couro de Rato, e nos últimos anos com coletivos audiovisuais indígenas.